Como en todo buen juego/película sobre extraterrestres, siempre encontramos todas esas melodías insinuantes y misteriosas (estilo opening de Expediente X, porqué no decirlo) con esos sonidos extraños hechos con yo que se qué instrumento. Éstas las encontraremos durante los menús del juego. Durante el juego en sí, las encontraremos remezcladas con algunas bases electrónicas que les otorgan cierto aire fantasioso, incluso psicodélico. El resultado está muy bien y la verdad es que estas extrañas cancioncillas animas de maravilla el transcurso del juego.

Todos los efectos sonoros que presenta Area 51 acompañan de forma perfecta al transcurso del juego. Todos los disparos, explosiones y demás efectos suenan genial en la pantalla de nuestro televisor. Cabe destacar, no obstante, el efecto conseguido al transformarnos en mutante. Desde el momento en que nos transformemos, todo se escuchará distorsionado, voces y demás efectos, como si fueran más lentos. Otro aspecto destacable son las voces. Totalmente en castellano, durante todo el juego, iremos escuchando hablar a los personajes ya sea en los momentos de juego o en los videos. Genial la voz de tipo duro que le han dado en la versión en castellano al personaje principal, Ethan Cole (en la versión original la voz la pone el mítico David Duchovni, también podremos escuchar la del rockero Marilyn Manson).