La historia del juego ocurre al mismo tiempo que la historia del nuevo episodio y se entrelazan en numerosas ocasiones, dando lugar a multitud de similitudes con personajes, lugares y vehículos que garantizan un avance inmejorable de la nueva película.
La galaxia está sumida en el caos y Mace Windu, jefe del Consejo, encarga a uno de los mejores Jedi, Adi Gallia, que investigue los disturbios que se están produciendo en el sistema Karthakk, donde un creciente movimiento secesionista liderado por el Conde Dooku amenaza con expandirse.
Además de a estos nuevos personajes, el usuario podrá conocer nuevos escenarios de la película: el planeta Geonosis -donde se desarrolla la batalla final en el Episodio II-, y un campo de asteroides que también es protagonista de un espectacular encuentro entre las fuerzas del bien y del mal.
Los jugadores también tendrán el privilegio de conocer en el juego algunos de los nuevos vehículos que aparecen en la película: la nueva nave de Boba/Jango Fett, que aparece una vez en el juego, y Jedi Starfighter (el caza estelar de los Jedi), que será la primera nave del universo Star Wars desvelada de forma interactiva antes del lanzamiento de la película.
