Naughty Dog ha creado un complejo mundo con una interesante historia, el resultado de esta mezcla es adicción pura. Jak y Daxter son dos amigos que viven una apacible existencia en Precursor, como no podía ser de otra manera un buen día el mal hace acto de presencia convirtiendo a Daxter en una extraña criatura, nuestra misión será que Daxter vuelva a su estado natural y liberar a Precursor de los distintos males que le acechan.

Para conseguir nuestro objetivo deberemos recoger lo que los habitantes de Precursor llaman baterías, en alguna ocasión podremos conseguir una batería llegando a un lugar recóndito, aunque en la mayoría de las ocasiones deberemos resolver un acertijo o realizar alguna misión para que los personajes que vamos encontrando nos den una batería a cambio. Finalmente en cada área hay un problema que se resuelve obteniendo un número determinado de baterías.

Al final de cada área, normalmente compuesta por 3 parajes distintos, y una vez resuelto el problema principal nos encontraremos con un enemigo más poderoso al que deberemos derrotar.